海關對進出口貨物報關管理的主要制度實際是報關注冊登記制度。凡是在中華人民共和國進出境口岸辦理進出口貨物報關手續的企業必須向海關辦理報關注冊登記。
要履行進出口貨物的報關手續，必須先經海關批準成為報關單位。能夠向海關注冊登記的單位分為兩類，一類是辦理報關注冊登記單位；另一類是辦理代理報關注冊登記單位。辦理報關和代理報關登記，在企業所在地海關辦理。報關業務，應由報關企業和代理報關企業指派專人即報關員辦理。報關員必須經海關培訓、考核合格并獲得由海關頒發的《報關員證》才可以從事報關工作。
（一）辦理報關注冊登記單位
可以向海關申請辦理報關注冊登記的單位有：經批準有進出口貿易經營權的企業；中外合資、合作經營企業及外商獨資企業；經海關認可，直接辦理進出口手續的經營對外加工、裝配和中小型補償貿易的企業；其經海關認可的經常辦理進出口貨物手續的單位。
申請辦理報關注冊登記的企業，應向海關提交有關文件材料：1.經貿管理部門批準其經營進、出口業務的文件副本或影印件；2.工商行政管理部門核發的營業執照副本或影印件；3.銀行出具的經濟擔保書或具有同等效力的證明文件；4《報關注冊登記申請書》；5.有關部門批準開業的證件副本或者影印件。以上內容經海關審核批準后，發給《報關注冊登記證明書》。
（二）辦理代理報關注冊登記的單位
具有法人資格的企業，可向海關申請辦理代理報關注冊登記，并同時向海關提交有關文件材料：工商行政管理部門核發的營業執照；代理報關注冊登記申請書；資信證明文件，如有足夠的流動資產或銀行存款、保證進出口貨物稅款能夠及時繳納的證明文件，或是向金融機構投保并向海關提交金融機構出具的經濟擔保書，或者通過公證機關以固定資產抵押形式保證繳納的資信證明文件。申請經海關審核批準后，發給《報關注冊登記證明書》。企業取得報關單位的資格后，即可由專職或兼職報關員辦理貨物進出關境的手續。
報關單位的資格隨同原申請成為報關單位的企業的撤銷而自動終止。如更改注冊登記內容時，需重新向海關申請。

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